Um diese Nutzungen zu ermöglichen, wurden von den Umweltbehörden die Anforderungen an die künftige Qualität des Baugrundes formuliert. Sie sind Gegenstand des Vertrags und eines „Bodensanierungsplans“. Darin sind die Voraussetzungen und Maßnahmen definiert, um das Projekt „Wasserstadt Limmer“ zu verwirklichen. Mit dem Vertrag verpflichtet sich die Wasserstadt Limmer GmbH, den Boden des Geländes der Wasserstadt fach- und sachgerecht zu sanieren und die Flächen somit für eine Nachnutzung entsprechend der Vorgaben des städtebaulichen Rahmenplanes herzurichten, den der Rat im Oktober 2005 beschlossen hat.
Der Bodensanierungsplan als Bestandteil des Vertrags wurde im Auftrag der Wasserstadt GmbH von der Burmeister Ingenieur Gesellschaft aufgestellt und mit den zuständigen Fachbehörden von Stadt Hannover und Region Hannover abgestimmt. Die in dem Bodensanierungsplan ausgewiesenen umfangreichen Maßnahmen zur Beseitigung der Bodenverunreinigungen gehen über die Maßnahmen zur Gefahrenabwehr hinaus, zu denen die Wasserstadt Limmer GmbH als Vorhabenträger ohnehin verpflichtet wäre.